Para los que administramos un sitio web, aunque no es una regla general, solemos colocar el código de seguimiento en los siguientes lugares:
En las opciones del tema
En el archivo header.php del tema
Usando un plugin del tipo «Insert Headers and Footers Code»
Teniendo habilitado dos plugin para seguimiento de Google Analytics.
Se te ocurre otro lugar donde pueda estar insertado? No dudes en contarnos.